EclipseにおけるGWTプロジェクトのセットアップの方法は主に３つあります。どちらかを選んでください。
（１）デフォルトのGoogle WebApplicationプロジェクトとして作成する場合（GAE対応）
この環境はGoogle AppEngineでの動作を前提としています。GPEのプラグインが入っていれば、Googleのマークの入ったWeb Applicationとしてプロジェクトを作成することで、すぐにGWTの開発をすることができます。
（２）サーバを非GAE環境にする場合（標準のJavaEE開発準拠/GAE非対応）
Google Appengineを利用しない場合は、最初のプロジェクトの作成でGAEの利用をＯＦＦにしてください。それだけでOK。普通のサーブレットをJettyで動かせます。もちろん、GWT-RPCも使えます。
（３）サーバを非GAE環境にする場合（Jetty非利用。Tomcat等）
とりあえず、下記のブログを読んでください。しかし、あまりオススメはしません。
補足説明： GAE対応とGAE非対応の違いは？
GAEとはGoogle App EngineというGoogleが提供してるクラウドサーバーです。Googleのプラットフォームを活用して、自前でサーバーを立ち上げる必要がありません。ただ、このサーバは、Googleのサーバーを使うということから、利用者が好き勝手にできないよう制約を設けています。例えば、ファイルの保存や書き込みといったプログラムは動きません。Eclipseではその記述をするとコンパイル時にセキュリティエラーが出ます。参考までにGAEで利用できるクラスのリスト（ホワイトリスト）へのリンクを載せます。
(ゴミ内容)
Dynamic Web Projectとして作成する場合 （下記の内容はボツです。間違ってます。なかったコトにしてください）
なんらかの都合により、Tomcatなどの通常のサーブレットコンテナ上での動作をするアプリにおいてGWTを作成する場合は、Dynamic Webプロジェクトとして作成します。以下、値手順並びに注意点を書きます
（１）Dynamic Web project の作成
ウィザードで作成するとき、Dynamic web module のバージョンは 2.5以下（2.4がイイかも）にしてください。
（２）ライブラリにGoogle Web Tool Kitを追加する。
プロジェクトを右クリックし、【Build Path】→【Configure Build Path】→【Libraries】→【Add Library】からGoogleWeb ToolKitを選んでGWTSDKを追加してください。
（３）GWT SDKのOrder and Export を上位にする
【Build Path】→【Order and Export】→でGWT SDKを上位にあげておいてください。おまじないです・
（４）GWTを有効にする
プロジェクトを右クリックし、【Properties】→【Google】→【Web ToolKit】を開き、Use Google Web Toolkitを有効にしてください。
（５）GWTの関連ファイルの作成
ファイル作成ウィザードを開いて以下の手順で作成してください。
（5－1）Moduleファイルの作成
（5－2）Entry Point Classファイルの作成
（5－1）HTML Pageファイルの作成
実はここのファイル生成にバグがあります。HTMLファイル内のJavaScriptへの参照が正しくありません（ブログ参照）。一旦、プロジェクトを右クリックし、【Google】→【GWT Compile】を選んでコンパイルしてみてください。するとJavaScriptの正しいファイルパスが分かります。